El objetivo principal del Herbario del Instituto de Investigaciones es el de mantener y desarrollar una colección de la flora guatemalteca (y bibliografía correspondiente) como referencia para estudios botánicos, ecológicos, etnobotánicos y farmacéuticos, entre otros.
Se cuenta actualmente con más de 25,000 especímenes montados, de los cuales más de 15,000 han sido identificados. Entre sus divisiones se tienen: Pteridophyta, Bryophyta, Gymnospermae, Angiospermae, Líquenes, Algas Marinas, Hongos, Malezas y Plantas Medicinales. El Herbario cuenta con algunas colecciones regionales de Guatemala: Sierra de las Minas, Sololá, Petén y Huehuetenango. En 1995, se inició la computarización de la colección utilizando FileMaker Pro para MacIntosh. En la actualidad se pueden consultar varias de las colecciones especiales (malezas, plantas medicinales, plantas útiles de Petén, flora de Sierra de las Minas, flora de Huehuetenango, flora de la cuenca del lago de Atitlán) y el 50% de la colección de plantas en la computadora.
Investigación y docencia en el área de la botánica y biodiversidad en Guatemala: El personal del Herbario participa en varios proyectos de investigación en taxonomía, conservación y etnobotánica. Entre los varios proyectos que se encuentra involucrado se pueden citar: Arboles del mundo maya, Smilacaceae de Guatemala, Loranthaceae de Guatemala, Diagnóstico y monitoreo de la cuenca del Lago de Atitlán, Etnobotánica de los kakchiqueles y tzutuhiles. En docencia se imparten los siguientes cursos: Botánica 1 y 2, Taxonomía de Traqueofitas y Etnobotánica. También se han asesorado varios proyectos de Bioferia (para estudiantes de1er. año) así como tesis de licenciatura de varias universidades nacionales e internacionales.
Asesoría a estudiantes de las carreras de Farmacia, Química, Biología, Ciencias Agrícolas, Ingeniería Forestal y Ecoturismo en temas botánicos, taxonómicos, entre otros.
Servicios de identificación taxonómica de plantas para investigadores de la UVG, otras instituciones, ONG’s y personas particulares, por ejemplo: CONAP, Ministerio de Salud Pública, Ministerio de Agricultura y Ganadería, departamentos de otras universidades nacionales (CECON, Facultad de Agronomía de la USAC).
Educación a personal de diversas organizaciones y otras universidades (sedes regionales) (ej. USAC sedes regionales, URL, Cobán, Amigos del Lago de Atitlán, Instituto de Antropología e Historia, Museo de Historia Natural) referente a la elaboración de herbarios e implementación de colecciones de referencia.
Identificaciones de especímenes e intercambio con instituciones extranjeras: Institut für Pharmazeutische Biologie de la Universidad Heinrich Heine de Düsseldorf, Alemania; Carleton University, Canadá; Department of Systematic Botany, Un. de Göteborg, Suecia; Proyecto Arqueológico de la Misión Japonesa en Guatemala; Real Jardín Botánico de Madrid; Universidad de Michigan; Universidad de Hannover; Jardín Botánico de Missouri, Universidad de California, Natural History Museum, London. Washington University.
Colaboración con la Red de Herbarios de Mesoamérica y el Caribe en la elaboración de estatutos, publicación del boletín informativo y página web así como elaboración de propuestas en conjunto con miembros de la red.